1947 წლის 14 იანვარს „ატლეტიკომ“გაწყვიტა კავშირი სამხედროებთან და არსებობა ისევ დამოუკიდებელ კლუბად გააგრძელა. თუმცა კი ამ ცვლილების შემდეგ მის სახელის დაბოლოებას დაემატა ასო „ო“, სწორედ ეს განასხვავებს ბასკური „ატლეტიკის“ დასახელებისაგან. ამავე წელს „მეტროპოლიტანოზე“ მიწასთან გაასწორეს მადრიდის “რეალი“ 5-0, ესააა ამ გუნდთან ყველაზე დიდი ანგარიშით გამარჯვება მათი შეხვედრების ისტორიაში.
1948 წელს გუნდში კიდევ შეიცვალა ბევრი რამე სასიკეთოდ, გუნდმა გადაიბირა იმ დროსითვის ერთერთი საუკეთესო ფრანგი მეკარე: მარსელ დომინგო და მაროკოს ყველა დროის ერთერთი საუკეთესო ფეხბურთელი ლარბი ბენ-ბარეკი. 1949 წელს კი მწვრთნელის პოსტი ლეგენდარულმა ელენიო ერერამ დაიკავა. შედეგიც შესაბამისი იყო: 1950 და 1951 წლებში მადრიდელები ზედიზედ დაეუფლნენ ჩემპიონის საპატიო ტიტულს. საინტერესოა ის ფაქტი რომ ერერა, რომელიც შემდგომში მონათლეს „კატენაჩოს მამად“ ამ დროს გახსნილ ფეხბურთს ქადაგებდა, 1951 წლის სეზონში Colchoneros-მა მეტოქეთა კარი 87 ჯერ აიღო და ბილბაოს „ატლეტიკთან“ ლიგის ისტორიაში ყველაზე მეტ გოლიანი ფრე დააფიქსირა 6-6.
50-იან წლებში იყო ასევე ყველაზე დიდი სხვაობით გამარჯვება კლუბის ისტორიაში „ერკულესის“ (1955-56 სეზონი) და „ლას პალმასის“ (1957-58 სეზონი) წინააღმდეგ ანგარიშით 9-0. ევროთასებზე 8-0 „დრუმკონდრა“-ს (ირლანდია) წინააღმდეგ. 1954-55 წლების სეზონში დამარცხდა ყველაზე სასტიკად „სელტასთანაც“ 1-8.
1945 დან 1958 წლამდე გუნდში თამაშობდა ფეხბურთელი რომელსაც „ატლეტიკოს“ ისტორიაში, ლუის არაგონესის შემდეგ ყველაზე მეტი გოლი აქვს გატანილი მეტოქეთა კარში. ესაა ანდრიას ესკუდერო (დაბ 24.11.1927), მეტსახელად El Chava მ პრიმერაში ჩატარებული 287 მატჩში 150-ჯერ დალაშქრა მეტოქეთა კარი. თასზე 17 ჯერ. სამჯერ ესპანეთის ნაკრებშიც ითამაშა და ერთი გოლიც გაიტანა.
1953 წელს გუნდი დატოვა ელენიო ერერამ, რასაც თან დაერთო „რეალის“ და „ბარსელონას“ აღზევება: მათ თავი მოუყარეს სულ მალე გუნდში მსოფლიო ვარსკვლავებს დი სტეფანოს და კუბალას წინამძღოლობით. „ატლეტიკო“ მიუხედავად იმისა რომ იბრძოდა მაინც ესპანეთის მესამე კლუბად დარჩა ამ დროისთვის. არადა გუნდმა გასაძლიერებლად ბრაზილიის ნაკრების ფეხბურთელი ვავაც კი იყიდა. ბრაზილიური ფეხბურთის ლეგენდა გუნდში 1958 წელს „ვასკო და გამადან“ გადავიდა და აქ სამი სეზონი გაატარა ჩატარებულ 71 მატჩში კი 31 გოლი გაიტანა.
1951 დან 1966 წლამდე გუნდს ოქროს პერიოდი მაინც დაუდგა: ოთხჯერ გახდნენ ვიცე-ჩემპიონები და შვიდჯერ გავიდნენ თასის ფინალში (სამი მოიგეს). 1959-61 წლებში მატჩებმა „რეალთან“ იმდენად დაძაბულად ჩაიარა და მნიშვნელობითაც გამოირჩა, რომ რამდენიმე შემთხვევაში ელ კლასიკო გადაწია უკანა პლანზე. 1959 წელს „ატლეტიკო“ ჩემპიონთა თასის ნახევარფინალში გავიდა (თასზე ასპარეზობის უფლება მიიღო ვიცე ჩემპიონობის გამო რადგან წინა გამარჯვებული და ესპანეთის ჩემპიონი სამეფო კლუბი პირდაპირ დაუშვეს გათამაშებაზე) და აქ გადაეყარა მარადიულ მეტოქეს: „მეტროპოლიტანოზე“ „რეალი“ დამარცხდა 1-0, საკუთარ მოედანზე კი გაიმარჯვა 2-1. ამ დროს არ მოქმედებდა დღეს ძალაში არსებული სისტემა და მეტოქის მოედანზე გატანილი ბურთიც ბევრს არაფერს ნიშნავდა, რის გამოც გადამწყვეტი მატჩი სარაგოსაში დაინიშნა აქ კი ისევ სამეფო კლუბმა იმარჯვა 2-1. ერთი წლის შემდეგ ორივე გუნდმა ქვეყნის თასის გათამაშების 1/2 ფინალში მეტოქეები 8-0 გაანადგურა და ფინალში ერთმანეთს დაუპირისპირდა აქ უკვე „ატლეტიკომ“ იმარჯვა 3-1. საქმე ისაა რომ 1961 წლის ფინალიც გენერალსიმუსის თასზე (ასე ერქვა ფრანკოს დროს სამეფო თასს) ამ გუნდებმა ითამაშეს და გამარჯვებულიც ისევ თეთრწითლები გახდნენ , თუმცა ამჯერად 3-2 მოიგეს. ამ წარმატებულ ორ სეზონს მოჰყვა კიდევ უფრო წარმატებული მესამე სეზონი: 1962 წელს თასების მფლობელთა თასის გათამაშებაში ზედიზედ დამარცხებულ იქნა „სედანი“, „ლესტერი“, „ვერდერი“ და იენას „მოტორი“ (გდრ) . ფინალში „მელეიბეები“ „ფიორენტინას“ დაუპირისპირდნენ პირველი მატჩი გლაზგოში ფრედ 1-1 დასრულდა და გადათამაშებაც დაინიშნა, რომლის ორგანიზებას არც მეტი არც ნაკლები 4 თვე დასჭირდა და ბოლოსდა ბოლოს შტუტგარტში ჩატარდა. ესპანელებმა 3-0 იმარჯვეს (Miguel Jones 8′, José Alberto de Mendonça Paulino 27′, Joaquín Peiró 59′).
მომდევნო სეზონში მადრიდელებს შეეძლოთ მიღწევა გაემეორებინათ და ტიტული დაეცვათ, თუმცა ლონდონის „ტოტენჰემთან“ ფინალში 0-5 განადგურდნენ. ათსანიშნავია ისიც რომ ასეთი დიდი სხვაობა ევროთასების ფინალებში არასოდეს დაფიქსირებულა.
1964 წლის 17 ოქტომბრიდან მადრიდის ,,ატლეტიკოში“ ახალი ერა დაიწყო. გუნდის პრეზიდენტი გახდა ვისენტე კალდერონ პერეს-კავადა (Vicente Calderón Pérez-Cavada): მისი მმართველობის დროს გუნდმა ოთხჯერ მოიგო პრიმერა, ოთხჯერ სამეფო თასი და ერთხელაც საკონტინანტთაშორისო თასი.
ვისენტე კალდერონის მოსვლისთანავე გუნდი სტადიონის გარეშე დარჩა, „მეტროპოლიტანო“ სამშენებლო კომპანიას მიჰყიდეს, თვითონ კი საშინაო მატჩებისთვის „სანტიაგო ბერნაბეუ“ დაიქირავეს. პრეზიდენტი მაშინვე შეუდგა საქმეს და საწვრთნელი ბაზის „მანსანარესის“ ადგილას დაიწყო ახალი სტადიონის მშენებლობა. ჰოდა სწორედ ამ სტადიონს 1971 წლის 14 ივლისს დირექტორთა საბჭოს ერთსულოვანი გადაწყვეტილებით ეწოდა კიდეც მისი სახელი.
ამ პერიოდის წამყვან მოთამაშეებად იქცნენ: მეკარე-რეინა (1976/77 წლებში გახდა კლუბის პირველი მეკარე, რომელმაც დაისაკუთრა „ზამორას პრიზი“ რომელიც სეზონის საუკეთესო მეკარეებს გადაეცემათ), ნახევარმცველი – ადელარდო (კლუბის რეკორდსმენი პირველ დივიზიონში ჩატარებული მატჩების რაოდენობით – 399), თავდამსხმელი ხოსე ეულოხიო გარატე, ასევეა მომავალში ცნობილი ესპანელი მწვრთნელები ხავიერ ირურეტა და ლუის არაგონესი. ირურეტა მოედნის ცენტრში ირჯებოდა და თავისი უხეშობით იყო ცნობილი. არაგონესი 1964 წელს მოვიდა გუნდში და მასში თამაშის პერიოდში 123 გოლის გატანა შეძლო ანუ მეორე მაჩვენებელი ისტორიაში, მესამე ადგილს კი გარატე იკავებს 109. საინტერესო ისააა რომ 1969/70 წლების სეზონში გარატემ და არაგონესმა ერთად მოიგეს „პიჩიჩის“ პრიზი, მათ 16-16 გოლი გაიტანეს. გარატემ ამის გარდა კიდევ ორჯერ მოიპოვა ეს ტიტული 1969 (14 გოლი) და 1971 (17 გოლი) წლებში, ანუ ზედიზედ სამჯერ. მის ასეთ წარმატებას იმანაც შეუწყო ხელი, რომ პრიმერაში აღარ თამაშობდნენ დი სტეფანოს და პუშკაშის მსგავსი ვარსკვლავები, ამასთან შეიზღუდა ლიმიტი ლეგიონერებისა (ეს აკრძალვა 1973 წელს მოხსნეს).
აკრძალვის დამთავრებისთანავე მადრიდელები სამი არგენტინელით გაძლიერდნენ: რუბენ აიალა, რამონ ერედეი და რუბენ დიასი (მეტსახელად „მცხობელი“ – „panadero“). ეს სამი სამხრეთ ამერიკელი ფეხბურთელი ერთობ ეგზოტიკური გარეგნობით გამოირჩეოდა რის გამოც მათ „ინდიელები“ („indios“) შეარქვეს.
სწორედ ამ ფეხბურთელების დამსახურებაა კიდევ ერთი მეტსახელი „ინდიელები -indios“, რომელიც დღემდე მოიხსენიება.
1974 წელს გუნდი არსებობის განმავლობში ყველაზე ახლოს იყო გამხდარიყო ჩემპიონთა თასის მფლობელი და მოეპოვებინა ევროპაში უპირველესი გუნდის სახელი, მაგრამ წარმატებამდე სულ ცოტა დააკლდა: ბრიუსელში , „ბაიერნთან“ გამართულ შეხვედრაში ძირითადი დრო 0-0 დასრულდა, დამატებით დროში 113 წუთზე ლუის არაგონესმა საჯარიმოდან აიღო ზეპ მაიერის კარი და მაშინ როდესაც ყველას ეგონა მადრიდელები ტიტულს მოიპოვებდნენ 120 წუთზე „ბაიერნის“ მცელმა ჰანს-გეორგ შვარცენბეკმა 30 მეტრიდან გაუტანა მიგელ რეინას, ყველაზე საინტერესო კი ის გამოდგა რომ მადრიდელთა გოლისას სწორედ ამ მცველმა დაარღვია თამაშის წესები. დაინიშნა გადათამაშება რომელიც „ატლეტიკოსთვის“ კატასტროფით დასრულდა 0-4 და თასიც გერმანელებს დარჩათ.
1975 წლის გაზაფხულზე გასამართ საკონტინენტთაშორისო თასის ფინალზე გერმანელებმა უარი განაცხადეს, ამის გამო არგენტინულ „ინდეპენდიენტეს“ მადრიდელები დაუპირისპირდნენ, პირველი მატჩი არგენტინაში 0-1 დათმეს თუმცა გამეორებით შეხვედრაში ხავიერ ირურეტას და რუბენ აიალას გოლებით გაიმარჯვეს და თასიც დაისაკუთრეს. გუნდს უკვე ლუის არაგონესი წვრთნიდა.
1987 წელს ვისენტე კალდერონის ერა დასრულდა. მისი პოსტი თავიდან დაიკავა ხავიერ კასტედო ალვარესმა, მაგრამ მალევე დაუთმო ხესუს ხილი ხილს (27 ივნისიდან), ალბათ ყველაზე ქარიზმატულ და გამორჩეულ ფიქურას კლუბის ისტორიაში. თუმცა კი ვიდრე ეს მოხდებოდა გუნდმა 1976/77 წლებში ესპანეთის ჩემპიონობა კიდევ ერთხელ მოიპოვა, 1976 და 1985 წლებში ესპანეთის თასი, 1985 წელს კი სულაც ესპანეთის სუპერთასი. ამას თან დაერთო კიდევ ერთი ფინალი თასების თასისათვის სადაც „ატლეტიკო“ კიევის „დინამოსთან“ დამაცხდა 0-3. მოკლედ 1987 წლიდან გუნდის პრეზიდენტი გახდა ხესუს ხილი (წინასაარჩევნო კამპანიისას 200 ათასი დოლარი დახარჯა). იგი მოსვლის დღიდან შეუდგა გუნდის გაძლიერებას: შეიძინა ბერნდ შუსტერი და გუნდის ქომაგთა უსაყვარლესი ფეხბურთელი პორტუგალიელი პაულუ ფუტრე (გარდა იმისა რომ მასში მილიონი დოლარი გადაიხადეს, ხილმა მას ოცნება აუსრულა და ყვითელი „პორშეც“ აჩუქა).
1990-91 წლების სეზონში საოცარი სერია ჰქონდა გუნდის მეკარე აბელ რესინოს მან 1275 წუთის განმავლობაში შეინახა კარი მშრალად. რა თქმა უნდა იმ წელს „ზამორას პრიზიც“ მას ერგო. მიუხედავად ასეთი შემთხვევებისა და გუნდის გაძლიერებისა 1991 და 92 წლებში მხოლოდ სამეფო თასის მოგება გახდა შესაძლებელი. მომდევნო სეზონებში (1993/94 და 1994/95) გუნდი ცხრილის ქვედა ნაწილში იმყოფებოდა, პრეზიდენტიც ხელთათმანებივით ცვლიდა გუნდის მწვრთნელებს, ვიდრე 1995 წელს რადომირ ანტიჩს არ მიაგნო. მწვრთნელმა გაუმართლა და სეზონის სტარტზე 11 ტურში 9 მოგება და 2 ფრე ითამაში, დაწინაურდა ცხრილში და სეზონის ბოლომდე არც გაუფლანგავს უპირატესობა. ყველაზე დასამახსოვრებელი ის იყო რომ ამ წელს „ატლეტიკომ“ სამეფო თასის გათამაშება კიდევ ერთხელ მოახერხა და დუბლი შეასრულა. თუმცა კი ესპანელები გუნდს ძალიან უხეშ თამაშში ადანაშაულებდნენ ჩემპიონობა ჩემპიონობააა და სიბელისზეც სეზონის ბოლოს ფიესტა შედგა.
1999-2000 წლებში მოხდა მოულოდნელი: რამ გუნდი პრიმერა დივიზიონში მე-19 ადგილზე გავიდა და გავარდა სევილიასთან და ბეტისთან ერთად. თუმცა ეს კიდევ არაფერი სეგუნდას საწყის შვიდ ტურში (მომდევნო 2000-01 სეზონი) მხოლოდ ერთხელ გაიმარჯვა და აქაც ცხრილის ფსკერზე დაეშვა. ზამთრის სატრანსფერო ფანჯრის გაღებისთანავე ხესუს ხილმა და სპორტულმა დირექტორმა პაულუ ფუტრემ კიდევ ერთი მწვრთნელი გაუშვეს და უამრავი ფეხბურთელლი დაიმატეს, თუმცა „ატლეტიკოს“ „ტენერიფემ“ მცირედით მაინც აჯობა და გუნდს მომდევნო წელიც სეგუნდაში მოუხდა თამაში. ამჯერად კი ყველაფერი რიგზე იყო და პირველი ადგილიც დამსახურებული, გუნდს კი ლუის არაგონესი წვრთნიდა: მწვრთნელი 27 წლიანი სტაჟით.
2002 წელს ხესუს ხილი გარდაიცვალა (24 აპრილი) და ამით გუნდის ისტორიაში კიდევ ერთი ეპოქა დასრულდა.
ბოლო წლების ატლეტიკოს აღზევება 2009-10 წლების სეზონიდან იწყება: ჩემპიონატში ცუდი თამაშის საპირისპიროდ გუნდმა ევროპის ლიგის პირველი გათამაშება მოიგო, რასაც ევროპის სუპერთასის დასაკუთრება მოჰყვა. მელეიბეები ასევე გავიდნენ ესპანეთის სამეფო თასისა და ესპანეთის სუპერთასის ფინალებში. 2012 წელს კიდევ ერთხელ განმეორდა 2010 ში მიღწეული წარმატება, გუნდმა ევროპის ლიგა და ევროპის სუპერთასი მოიგო. 2013 წელს დიდი ხნის პაუზის შემდეგ მოიგო ესპანური ტიტული - სამეფო თასის ფინალში მადრიდის რეალს სანტიაგო ბერნაბეუზე სძლია.
2014 წელს ატლეტიკომ დაამხო თანაქალაქელი რეალისა და ბარსელონას 10-წლიანი ჰეგემონია ესპანეთის ჩემპიონატში და გახდა ლა ლიგის დამსახურებული ჩემპიონი, გადამწყვეტი მატჩი ბოლო ტურში, ბარსელონას წინააღმდეგ კამპ-ნოუზე გაიმართა, სადაც დიეგო გოდინის გოლის წყალობით გუნდმა საჭირო ქულა აიღო და ტიტული დაიბევა. ამასთან ერთად, კლუბმა ბრწყინვალედ იასპარეზა ჩემპიონთა ლიგაზე, სადაც მატჩის წაუგებლად განვლო მთელი ასპარეზობა. ჯგუფში 5 მოგებით პირველი ადგილის დაკავების შემდეგ მელეიბეებმა მიყოლებით გამოთიშეს ასპარეზობას იტალიური მილანი, ესპანური ბარსელონა და ბრიტანული ჩელსი. ატლეტიკო ახლოს იყო ფინალის მოგებასთანაც, თუმცა თანაქალაქელთა ძლევამდე 3 წუთი დააკლდა. მცირე რევანში ახალი სეზონის დაწყებისთანავე შედგა, როდესაც ატლეტიკომ ორი მატჩის ჯამში (1:0, 1:1) სძლია მადრიდის რეალს და ესპანეთის სუპერთასი დაისაკუთრა.
გასული სეზონის მიწურულს ატლეტიკო არაერთმა ფეხბურთელმა დატოვა, რომელსაც მიღწეული წარმატება უკავშირდება - დიეგო კოშტამ, ტიბო კურტუამ და ფილიპე ლუისმა ჩელსის მიაშურეს, ოლივერ ტორესმა - პორტოს, დავიდ ვილია კი ამერიკაში გაემგზავრა. კლუბმა არ გააგრძელა კონტრაქტი დანიელ არანსუბიასთან, არ გამოისყიდა ხოსე სოსას კონტრაქტი. კლუბის პრეზიდენტმა ენრიკე სერესომ და სპორტულმა დირექტორმა კამინერომ მოახერხეს და მაქსიმალურად შეავსეს ის დანაკლისი, რომელიც წასული ფეხბურთელების გამო შეიქმნა, დააგრძელეს სკამი და დიდი ყურადღება მიაქციეს შეტევითი პოტენციალის გაზრდას, თუმცა მუდმივი ცვლილებებისა და ძიების სეზონში კლუბმა მხოლოდ ესპანეთის სუპერთასის მოპოვება შეძლო, ლა ლიგა მესამე ადგილზე დაასრულა, ჩემპიონთა ლიგასა და ესპანეთის თასს კი მეოთხედფინალში გამოემშვიდობა.